盤點可能出現重大差異。所謂重大差異即指：盤損率大幅超過同行業標準或公司目標，以及毛利率遠低于同行業標準或公司目標。
1、 盤損率是實際盤點庫存與電腦理論庫存的差異。
一般而言盤損的原因有下列幾種：
錯盤、漏盤；
計算錯誤；
偷竊；
收貨錯誤，或空收貨，結果帳多物少；
報廢商品未進行庫存更正；
對一些清貨商品，未計算降價損失；
生鮮品失重等處理不當；
商品變價未登記和任意變價。
2、 若發生重大差異時，應立即采取下列措施：
重新確認盤點區域，看是否漏盤；
檢查收貨，有無異常進貨，并且未錄入電腦；
檢查有無退貨，并且未錄入電腦；
檢查庫存更正及清貨變價表；
檢查是否有新來生鮮處理員工，技術不熟練；
重新計算。
3、 同時按規定程序進行庫存調整。
4、 商品盤損的多少，代表著管理人員的管理水平及責任感。只要結果在合理的范圍內，均視為正常。人為造成的盤點錯誤均應受到相應處罰。參照行業標準及超市的低成本損耗及責任落實到人的經營理念，超市目前規定的盤點損耗標準為：
門店盤損率應控制在銷售總金額的4‰-6‰。
在6‰-8‰之間應視為低于標準水平，必須由店長負責尋找原因，提出整改措施。
在8‰以上為不正常，須追尋有關經營人員及員工的責任，并給予處罰。
開店初期的第一次盤點，允許有較高的損耗率。
5、盤點的組織
盤點作業人員組織，首先由營業部內部指定各班組交叉負責，其工作由電腦部、財務部、采購部排人參加和監督盤點。盤點作業是商店人員投入最多的作業，所以要求全員參加盤點。由各店長負責并具體落實到各部門和人。